由于防水卷材和防水涂料的材料组成、外观形态等的差异，使得材料的特性、施工工艺、适用部位，应用环境各不相同。
优点：
防水卷材
施工方便、工期短、成形后无须养护、不受气温影响、环境污染小，层厚容易按设计要求掌握，用材计算准确、施工现场管理方便，不易偷工减料，层厚均匀，空铺时能有效地克服基层应力（在基层发生较大裂缝时能保持防水层整体性）。
防水涂料
任何复杂基层都可做成连续整体的防水层；设备简单，施工技术容易掌握。涂料防水层与基层具有100%的粘结面（裂缝、节点等部位使用加强层空铺法除外）。涂料防水层在可使用年限内的漏水，大多为基层开裂宽度超过防水涂层的可延伸幅度，漏水原因和形成漏水的部位极易发现，保修非常方便，只要少量防水材料修补裂缝和损伤部位即可。高品质的防水涂料可在背水面防水获得成功。部分防水涂料可在潮湿基层施工并形成防水层。
缺点：
防水卷材
需根据防水基层的形状而进行量体截衣，对于外形复杂的基层需多块拼接，防水卷材相互搭接处的粘结难度较大；完全绝对的密封将成为主要难题，漏水隐患最大；防水卷材在施工后的保护和漏水后的维修亦是难题，任何部位的贯穿性破损，脱胶、漏胶（那怕是只有一处），整个与其相连贯层面的防水功能都将全部衰失，如果不能找到破损和缺陷部位，则局部修补就不可能，那么只有重做防水。
防水涂料
涂料需一定时间的物理和化学反应固结后才能生成防水层；部份防水涂料在固化过程中产生有害气体释放，对人体有害。有的防水涂料一个防水层的完工需要多遍涂刷，每遍涂刷要有一定的间隔时间，因此防水层的最后完成要较长时间；防水涂料的施工过程中，现场管理显得十分重要，偷工减料、粗制滥造在管理疏忽的情况下将会有机可乘；涂料防水层厚度是根据施工时的涂布遍数决定的，除了涂布遍数外，涂料本身的固含量是成膜厚度决定因素。
